平安京の造営にあたり、桓武は延暦１５年（７９６）、朱雀大路の南端つまり都城の玄関口である羅城門の左右に西寺・東寺の二つの官寺を建立し、国家鎮護の寺とするよう命じた。西寺は都城の右京（西側）と西国を、東寺は左京（東側）と東国を護るという意図である。
 平安京復元 |
 西寺跡 |
 羅城門跡 |
桓武は、平安京遷都（７９４）から大同元年（８０６）３月に薨去するまでの１２年、南都の仏教勢力に対抗するため比叡山の最澄を庇護したのだったが、この新しい国家鎮護の寺を最澄に託さなかった。この時期の桓武にかぎって南都七官大寺から住持を迎えることはあり得ない。一体、創建の頃の東寺は国家鎮護の寺といいながらどんな寺であったのか。実際は、外国からの使節を宿泊させたり接待をするための迎賓館（鴻臚寺）だったともいわれる。
東寺の伽藍様式はおそらく奈良の官大寺と変りなく、薬師如来をご本尊とする金堂や僧たちが経論を修学論義する講堂を中心に、南大門・中門・回廊・食堂などが建ち並ぶものであっただろう。しかし、この新しい国家鎮護の寺は造営に手間取り空海が入る頃も未完成だったろう。大伽藍には必須の五重塔もなかった。完成まで８７年かかったという。結局のところ、新都にふさわしい国家鎮護の寺になるには２０年という時間と空海という異才と密教という新仏教を待つほかなかった。
空海はこの寺を「金光明四天王教王護国寺秘密伝法院」（教王護国寺）と名づけ、早速１０月に密教を学ぶ者の経・律・論の三学を規定した『真言所学経律論目録』（『三学録』）を朝廷に提出し、将来を担うべき僧５０名を東寺に住まわせて密教を修学させた。
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この時期、空海はまさに多忙だった。高野山の造営に辛苦するなか、１０月に宮中の皇后院において「息災法」を修し、１２月には清涼殿で「大通方広法」を行い、国家の中枢における密教流布が本格化している。
また明くる年の天長２年（８２５）には東寺講堂の建立に着手し、『金剛頂経』や『仁王経』に基づく「護国マンダラ」（羯磨曼荼羅）の建立に奔走し、つづいて翌天長３年（８２６）には五重塔建造に着手する。その翌年の天長４年正月には、淳和の病気平癒のために西寺とともに「薬師悔過」を修した。
そうこうするうち、空海は天長８年（８３１）に病（瘡）をえ、翌年には高雄山寺の経営を實慧・真済にまかせて高野山に引きこもり、翌々年の天長１０年（８３３）には高野山を真然らにゆだね、静かな三昧行の日々になっていた。東寺講堂は承和６年（８３９）に落成したが、それを見届けることなく空海はその４年前（承和２年（８３５））に入定している。
空海が東寺の講堂建設に直接かかわれたのはおそらくは企画立案の段階で、発願の天長２年（８２５）から東寺の東に日本初の庶民の子弟のための私立学校綜藝種智院を創設し「綜藝種智院式并序」を著した天長５年（８２８）まで、あるいは高雄山寺を弟子たちに託し高野山に隠棲をする天長９年（８３２）までの３年～５年くらいではなかったか。その後は高野山を出て宮中に出仕する際に東寺に止宿し指揮をとったかもしれないが、空海に残された時間はあまりなかった。
だがこの講堂は、日本の都平安京に出現したはじめての空海密教様式による国家鎮護の殿堂にちがいはなかった。完成した講堂のなかに入ったとたん朝廷の貴族や南都の僧らはみな、一様に驚嘆の声をあげたにちがいない。講堂に空海が仕掛けたのは、須弥壇の上に金剛界「五仏」とそれに対応する「五菩薩」「五大明王」および「四天王」と「梵天」「帝釈天」の２１の彫像が立ち並ぶ「立体マンダラ」であった。
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金剛界「五仏」つまり「五智如来」（金剛界大日・阿閦・宝生・無量寿・不空成就、「自性輪身」群）を壇上中央に置き、その右側には「五仏」に対応する「五菩薩」（金剛波羅蜜多・金剛薩埵・金剛宝・金剛法・金剛業の「正法輪身」群）、左側には「五大明王」（不動・金剛夜叉・降三世・軍荼利・大威徳の「教令輪身」群）を並べ、さらに四方の端には「四天王」（持国天・増長天・広目天・多聞天）、左右の辺中ほどには「梵天」「帝釈天」を配置したのである。
まさに、法界の仏たちがこの世に姿を現しこの国を守護するイメージをビジュアル化して見せたのだ。『金剛頂経』や『仁王経』の経説をベースに護国的編集を加え空海がオリジナル構想したのである。
この講堂のほか五重塔にも空海のオリジナルな構想がある。塔の一層部分には、芯柱を金剛界大日にみたて、須弥壇の上、四角の芯柱の四面（四方）に阿閦・宝生・無量寿・不空成就の「四仏（如来）」、その間に金剛嬉・金剛鬘・金剛歌・金剛舞、金剛香・金剛華・金剛燈・金剛塗香の「八供養菩薩」の尊像が配置されている。これも奈良の官大寺に同じ五重塔がここで密教（法界体性塔）化されている。
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講堂・五重塔にくらべ、本尊薬師如来と日光・月光の両脇侍菩薩および十二神将の像を祀る金堂は、空海もそのままにしたのか南都の官大寺と同じである。
東寺にはこのほか、空海の住房があった西院に大師堂（御影堂）、その南面に本坊をはさんで「後七日御修法」が行われる潅頂院がある。
